Küstrin wurde 1232 erstmals urkundlich erwähnt, als der Templerorden den Ort erwarb und erhielt um 1300 das Magdeburger Stadtrecht.  1455 fiel die Stadt endgültig an die Brandenburger Hohenzollern, nachdem sie zuvor zwischen Pommern und Polen umkämpft war.

1535 wurde Küstrin unter Markgraf Johann von Brandenburg-Küstrin zur Residenzstadt erhoben und ab diesem Zeitpunkt zur Festung ausgebaut, wobei italienische Ingenieure die Verteidigungsanlagen mit fünf Bastionen und Kasematten entwarfen.

Die strategische Lage an den Flüssen machte Küstrin zu einem militärischen Schlüsselpunkt, der bis ins 20. Jahrhundert als preußische Garnison diente.

Im Zweiten Weltkrieg wurde Küstrin 1945 fast vollständig zerstört, als die Rote Armee die Festung im Vorfeld der Berlin-Offensive einnahm.

Nach Kriegsende unter polnische Verwaltung gestellt, erfolgte die Umbenennung in Kostrzyn nad Odrą, die Vertreibung der deutschen Bevölkerung und der langsame Wiederaufbau der Neustadt ab 1954. Die historische Altstadt mit Festungsruinen bleibt als Mahnmal erhalten.

Heute ist Küstrin ein beliebter Startpunkt für eine Radtour auf dem Oder-Neiße-Radweg.